"Heißt es, dass es hier egal ist, ob man das ganze Stammkapital, das auch da sein soll, auf dem Stammkapitalbankkonto ist und gar nicht genutzt wurde?"
ja, das ist irrelevant.
"Was könnte das Unternehmen tun, damit dieses Unternehmen in diesem Fall nicht mehr als "Unternehmen in Schwierigkeiten" gilt?"
Eine Kapitalerhöhung durchführen. Oder die Gesellschafter gewähren ihrer GmbH ein Darlehen.
LG
-Nausicaa